Разберем предложение, чтобы понять, где нужны запятые:
"Новгород" - это подлежащее.
"или «Господин Великий Новгород» как называли его новгородцы" - это приложение, которое поясняет, что такое Новгород. Приложение выделяется запятыми с двух сторон.
"был главным городом огромной феодальной республики" - сказуемое и остальная часть предложения.
Таким образом, запятые нужны в позициях 1, 2, 3.
Правильный ответ: 3) 1, 2, 3