Разбираемся:
В тексте сказано, что измены боярские и воеводские и всяких приказных людей были совершены после смерти отца царя, Василия Ивановича.
Жители Москвы просили царя и великого князя о милости и просили не оставлять государство.
Ответ: Измены были совершены после смерти Василия Ивановича. Жители Москвы просили царя о милости и просили не оставлять государство.