В третьей части Иван Грозный допрашивает Калашникова: специально ли купец убил Кирибеевича?

Да. Калашников сознательно нанёс Кирибеевичу смертельный удар в кулачном бою, защищая честь своей семьи. Царю он не объясняет причину убийства, чтобы не рассказывать о бесчестье, которому Кирибеевич подверг Алёну Дмитриевну.