Ответ:
Придаточное определительное «которое над городом было черно и всё-таки отделялось от его слабо освещённых улиц» нужно выделить запятыми. Запятая между его однородными сказуемыми не ставится, поскольку они соединены одиночным союзом «и». Запятая перед последним «и» разделяет части сложного предложения.
Ответ: 1, 3, 4.
