Ответ:

Генное дерево может не совпадать с деревом видов по следующим причинам:

  1. из-за горизонтального переноса генов — ген может перейти между неродственными линиями;
  2. из-за дупликаций и утрат генов — разные виды могут унаследовать разные копии генов или потерять некоторые из них;
  3. из-за неполной сортировки линий — варианты генов могут распределиться между дочерними линиями не так, как ожидается по дереву видов.

Ответ: из-за горизонтального переноса генов; из-за дупликаций и утрат генов; из-за неполной сортировки линий.