Ответ:

В начале XVI века система управления в России выглядела следующим образом:

                    Государь
                       |
        -----------------------------------
        |                                |
Центральное управление            Дворец и казна
        |
   ----------------------------------
   |                                |
Боярская Дума                   Большая казна
   |
Приказы

Таким образом, в схеме пропущены следующие элементы:

  1. Государь
  2. Дворец и казна

Ответ: Государь, Дворец и казна.