A: В предложении 'It ... many interesting places.' пропущено слово, которое должно обозначать наличие чего-либо. Из вариантов 1) having, 2) have, 3) has, наиболее подходящим является 3) has.
B: В предложении 'The history of Novosibirsk Zoo ... with a small zoological garden.' пропущено слово, обозначающее, что история зоопарка связана с садом. Наиболее подходящим вариантом является 1) began (началась).
C: В предложении 'Now there are thousands of animals ... If people like trains they can visit...' пропущено слово, которое должно связывать два предложения. В данном контексте, где речь идет о наличии животных и возможности посетить музей, подходящим будет 2) they're (сокращение от they are, что подразумевает описание животных).
D: В предложении 'Novosibirsk is one of the ... places to try traditional Russian food.' пропущено слово, характеризующее места. Наиболее подходящим является 1) best (лучшие).
E: В предложении 'Novosibirsk is ... favourite city because I was born in this city.' пропущено слово, обозначающее принадлежность. Подходящим вариантом является 1) my (мой).