Восстание под предводительством Ивана Болотникова (1606-1607 гг.) произошло в период Смутного времени. В этот период на русском престоле сменилось несколько правителей, включая Лжедмитрия I и Василия Шуйского. Семибоярщина — это период правления боярской думы после свержения Василия Шуйского.
Лжедмитрий I правил с 1605 по 1606 год, его правление предшествовало восстанию.
Василий Шуйский взошел на престол в 1606 году, и именно в период его правления развернулось и достигло пика восстание Ивана Болотникова.
Борис Годунов правил до Лжедмитрия I (1598-1605 гг.) и не имел отношения к восстанию.
Семибоярщина установилась после свержения Василия Шуйского в 1610 году, то есть после окончания восстания Болотникова.
Следовательно, правителем в период восстания Ивана Болотникова был Василий Шуйский.
Ответ: Василий Шуйский