What...you doing when your father came?

Решение:

Это предложение относится к прошедшему времени (Past Continuous), которое используется для описания действия, происходившего в определенный момент в прошлом. В данном случае, "father came" (отец пришел) - это короткое действие, которое прервало или происходило одновременно с длительным действием "you doing". Для Past Continuous с "you" используется вспомогательный глагол "were".

Ответ: were