Для образования отрицательной формы Present Continuous необходимо после вспомогательного глагола am/is/are добавить частицу not, а для образования вопросительной формы вынести вспомогательный глагол am/is/are перед подлежащим.
You are not running.
Are you running?
Ответ: You are not running. Are you running?