Ответ:

Объединим файлы по общим папкам и сохраним вложенность каталогов.

D:\
├── Геометрия\
│   └── Проект\
│       ├── Графики.bmp
│       ├── Диаграммы.bmp
│       └── Функции.doc
└── Учёба\
    └── Работа\
        ├── Основа.doc
        ├── Замечания.doc
        └── Пропуски.doc