Ответ:
Объединим файлы по общим папкам и сохраним вложенность каталогов.
D:\
├── Геометрия\
│ └── Проект\
│ ├── Графики.bmp
│ ├── Диаграммы.bmp
│ └── Функции.doc
└── Учёба\
└── Работа\
├── Основа.doc
├── Замечания.doc
└── Пропуски.doc