Ответ:

  1. Стоящие на полке книги были в идеальном порядке. Оборот стоит перед определяемым словом, поэтому запятая не нужна.
  2. Мы шли по тропинке, покрытой опавшими листьями. Запятая внутри причастного оборота не ставится.
  3. Ученик, отвечавший у доски, уверенно решал задачу. Предложение написано правильно: оборот стоит после определяемого слова.