Ответ:

1) Речь идёт о слове траулера.

В первом случае: «Траулера плывут» — это форма множественного числа, именительного падежа. Возможное произношение: тра́улера (ударение на первом слоге). Во втором случае: «курились траулера» — также форма множественного числа, именительного падежа, поэтому произношение остаётся таким же: тра́улера.

Следовательно, в приведённом фрагменте различия в произношении между двумя употреблениями нет: в обоих случаях слово обозначает несколько траулеров и является подлежащим.

Теоретически написание траулера может соответствовать и форме родительного падежа единственного числа с ударением траулера́: «нет траулера». Но в данных строках такое толкование невозможно из-за формы сказуемых плывут и курились, согласованных с множественным числом.

2) В пропуске, вероятнее всего, было написано слово траулеры: «В обсуждённом периоде траулеры ловили…».

Это форма множественного числа, именительного падежа, с нормативным произношением тра́улеры. Вариативность здесь невозможна, потому что буква ы однозначно показывает окончание множественного числа, а форма траулера здесь грамматически неуместна. Кроме того, по смыслу речь идёт о нескольких судах, которые сами выполняли действие ловили.

Ответ: в поэтическом фрагменте — тра́улера; в пропуске должно быть написано траулеры, произносится тра́улеры.