Ответ:

3.1. Лишний элемент — город Ярослава: это часть древнего Киева, а остальные названия относятся к укреплённым районам Москвы.

3.2. Лишний элемент — Андрей Курбский: он бежал из России и стал противником Ивана IV, тогда как остальные перечисленные были приближёнными царя и опричниками.

3.3. Лишний элемент — Иона: он был митрополитом Московским, а Никон, Адриан, Иоаким и Гермоген — патриархами.