Словосочетание «почва с камнями» имеет управление, где главное слово «почва», а зависимое — «камнями» (с чем?).
Для замены на согласование, нужно сделать зависимое слово признаком главного. Слово «камнями» (множественное число) должно стать прилагательным «каменистая» (женский род, единственное число, именительный падеж, согласованное с главным словом «почва»).
Ответ: каменистая почва.