Ответ:

Придаточные изъяснительные отделяются запятыми от главной части; перед союзом «и» ставится запятая, так как он соединяет однородные сказуемые главного предложения с разными придаточными.

Я думал, что мы попали на плоскогорье, и не знал, идём ли мы вдоль или пересекаем его по кратчайшему направлению.

Ответ: Я думал, что мы попали на плоскогорье, и не знал, идём ли мы вдоль или пересекаем его по кратчайшему направлению.