Ответ:

Запятая ставится перед придаточными предложениями; вводное сочетание «скорее всего» обособляется.

Мы сразу поняли, что дети дома не ночевали и что они, скорее всего, заблудились в болоте.

Ответ: Мы сразу поняли, что дети дома не ночевали и что они, скорее всего, заблудились в болоте.