Ответ:

«Бывало» — вводное слово со значением обычности, оно обособляется. «На самом деле» здесь имеет значение «в действительности» и является обстоятельством, поэтому запятыми не выделяется. На месте 3 запятая не нужна после «бывали»: сочетание «и миражи» продолжает сказуемое.

Мы делали, бывало, в одиноких степных селеньях, состоявших из двух-трёх дворов. Бывали и миражи, природа на самом деле доходила до сущих чудес: видения воды стояли столь ясные, что в них отражались настоящие скалы.

Ответ: 1, 2.