Эмбриологические доказательства основаны на сходстве зародышевого развития.
I стадия: сходство зародышей всех позвоночных.
II стадия: появление жаберных щелей у зародышей рыб и амфибий.
III стадия: дальнейшее развитие, приводящее к формированию видоспецифичных признаков.
Сходство зародышей свидетельствует об их общем предке.