Ответ:

Мы долгое время не знали, кто ворует у нас из палатки съестные припасы.

Запятая отделяет придаточную изъяснительную часть от главной. «Кто» — союзное слово, относительное местоимение; в придаточной части является подлежащим: кто ворует?