Ответ:

Расставляем запятые по синтаксическим конструкциям:

  1. Оборот «расположенная на берегу Москвы-реки» стоит после слова «часть» и обособляется: (2).
  2. Уточняющее обстоятельство «на Боровицком холме» выделяется запятыми с двух сторон: (3) и (4).
  3. Оборот «впервые упомянутую в 1147 году» стоит после слова «усадьбу-крепость» и обособляется: (5).
  4. Перед придаточной частью с союзом «что» после слова «Примечательно» ставится запятая: (6).
  5. На месте (8) ставится запятая между частями сложного предложения перед союзом «а». На месте (7) запятая не нужна.

В предложении «Кремль — самая древняя часть столицы России…» на месте (1), а в предложении «колокольня Ивана Великого — самое высокое здание…» на месте (9) ставится тире, не запятая.

Ответ: 2, 3, 4, 5, 6, 8.