Вопрос касается множественного числа («the shops»), поэтому используется форма «were». Ответ должен соответствовать вопросу, и «they» также требует формы «were». Мы используем Past Simple, так как указано прошедшее время «last Sunday».
2. Were the shops open / last Sunday? Yes, they were.
2. Магазины были открыты / в прошлое воскресенье? Да, они были.