3. Бедный смотритель не понимал (1) каким образом (2) мог он сам позволить своей Дуне ехать вместе с гусаром (3) как нашло на него (4) это ослепление (5) что (6) тогда было с его разумом.

Запятой отделяются придаточные изъяснительные, передающие вопросы смотрителя. Между словами «каким образом» и продолжением придаточной запятая не требуется.

Бедный смотритель не понимал, каким образом мог он сам позволить своей Дуне ехать вместе с гусаром, как нашло на него это ослепление, что тогда было с его разумом.

Ответ: (1), (3), (5) — запятые; в позициях (2), (4), (6) запятые не ставятся.