Фраза «Ты видишь серое небо?» указывает на предзнаменование чего-то, что произойдет в ближайшем будущем. Скорее всего, речь идет о дожде.
is going to rain — конструкция 'going to' используется для предсказаний, основанных на признаках (в данном случае, серое небо).
rains — Present Simple, используется для регулярных событий или фактов, не подходит для предсказания.
will rain — Future Simple, также может использоваться для предсказаний, но 'going to' здесь более естественно, так как основано на наблюдаемом признаке.
Конструкция 'is going to' лучше всего передает предсказание, основанное на признаке.
Ответ: is going to rain