3. They have known /have been knowing him for many years.

Решение:

Глагол 'know' в данном контексте является 'stative verb' (глагол состояния) и обычно не используется во временах группы Continuous. Указывается длительность действия ('for many years'), что требует Present Perfect Simple.

Ответ: They have known him for many years.