Ответ:

Противоречия нет. Скорость действительно относительна, потому что определяется относительно выбранной системы отсчёта.

Станция и дерево покоятся друг относительно друга. Поэтому системы отсчёта, связанные с ними, движутся одинаково и имеют одинаковое положение относительно поезда. Следовательно, скорость поезда относительно станции равна его скорости относительно дерева.

Это частный случай относительности: в разных системах отсчёта скорость может иметь одинаковое значение, хотя системы отсчёта выбраны разные.

Ответ: нет, не противоречит. Станция и дерево покоятся друг относительно друга, поэтому скорость поезда относительно них одинакова.