Действие (ожидание) началось до другого действия в прошлом (прибытие) и продолжалось в течение некоторого времени. Для описания такого длительного действия, предшествовавшего другому действию в прошлом, используется Past Perfect Continuous.
Я ждал тебя два часа, когда ты наконец прибыл.
Ответ: had been waiting