4. Кто по-настоящему был в ней командиром?

Формально комендантом был Иван Кузьмич Миронов, но фактически хозяйством и повседневной жизнью крепости распоряжалась его жена Василиса Егоровна.

Ответ: по-настоящему крепостью управляла Василиса Егоровна.