4. Над обрывом где уже (не)было деревьев, только акация колючки и выводки горной репы, я остановился.

«Не было» пишется раздельно. Придаточная часть с союзным словом «где» выделяется запятыми.

Над обрывом, где уже не было деревьев, только акация-колючки и выводки горной репы, я остановился.