Ответ:

1. «Понимать что?» — придаточная изъяснительная часть, поэтому перед «что» ставится запятая: (1).

2. «Ибо» присоединяет причину; перед ним ставится запятая: (2).

3. В конструкции «то, что мы обычно принимаем за неё» придаточная часть выделяется запятыми: (3) и (4).

4. Придаточная часть «на который не обращаешь внимания» отделяется запятой. Деепричастный оборот «улавливая нужный сигнал» также обособляется: (5) и (6).

5. Однородные дополнения «голосами птиц, шорохом ... и капель» соединены перечислением; перед одиночным «и» запятая не ставится. Причастный оборот «падающих с ветвей» стоит перед определяемым словом «капель» и не обособляется.

Ответ: 1, 2, 3, 4, 5, 6.