Ответ:

  1. Я выбросила из вазы те цветы, которые уже завяли, а новые поставила в воду. Запятая отделяет придаточную часть с союзным словом «которые».
  2. Мой лучший друг — Коля Иванов. Запятая не нужна; тире разделяет подлежащее и именную часть сказуемого.
  3. Осенью все деревья сбрасывают свою листву, только ёлочки стоят зелёные, как и раньше. Первая запятая разделяет части сложного предложения, вторая — сравнительный оборот.
  4. «Сходи, Василиса, в лес за огнём,» — сказала Баба-яга. Запятыми выделяется обращение и отделяются слова автора от прямой речи.