5. Укажите цифры, на месте которых должны стоять запятые.

Обоснование:

• Запятая под номером (1) ставится между главной и придаточной частями сложноподчиненного предложения ("Егорушка вглядывался... и ему начинало казаться...").
• Запятая под номером (2) обособляет придаточное изъяснительное предложение ("что мельница [...] совсем выросла").
• Запятые под номерами (3) и (4) обособляют распространенное определение, выраженное причастным оборотом ("машущая крыльями").
• Запятая под номером (5) ставится между частями сложносочиненного предложения ("она совсем выросла, так что...").
• Запятая под номером (6) обособляет обстоятельственный оборот причины ("так что можно было отчётливо разглядеть").
• Запятая под номером (7) ставится между однородными членами предложения, соединенными союзом "и" (два крыла, одно из которых).
• Запятая под номером (8) обособляет придаточное определительное предложение ("которое было старым").
• Запятая под номером (9) обособляет уточняющее обстоятельство образа действия ("старым и нуждалось в ремонте").

Ответ: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9