Ответ:

Однородные члены предложения:

  • с небольшими, но светлыми — однородные определения;
  • герань, фиалки и настурция — однородные подлежащие;
  • письменный стол и стул — однородные подлежащие.

В предложении «Это была маленькая комната с небольшими, но светлыми окнами» определения небольшими и светлыми однородны и соединены противительным союзом но.

Ответ: небольшими, но светлыми; герань, фиалки и настурция; письменный стол и стул.