Ответ:

Грамматические основы: ласточки пропали, грачи летали и мелькали. Перед противительным союзом «а», соединяющим части сложного предложения, ставится запятая. Сказуемые «летали» и «мелькали» соединены одиночным союзом «да» в значении «и», поэтому запятая между ними не нужна.

Ласточки пропали, а вчера с зарей все грачи летали да как сеть мелькали вон над той горой.

Схема: [— =], а [— = да =].