Ответ:

На сегодняшний день в Новгороде обнаружено 953 берестяных письма. Это при том, что там исследовано не более 2 % средневекового культурного слоя, а в городах Новгородской области — Старой Руссе и Торжке — 40 и 19 грамот соответственно.

Точка отделяет самостоятельное предложение «Это при том…». Перед «что» ставится запятая на границе частей сложного предложения. Запятая перед «а» разделяет части сложного предложения. Названия городов Старой Руссы и Торжка поясняют слова «в городах Новгородской области», поэтому выделяются тире.