Ответ:

После предлога «над» требуется творительный падеж. В составном количественном числительном склоняются обе части: пятьдесят — пятьюдесятью.

Из-за аномальной жары угроза пожаров нависла над пятьюдесятью населёнными пунктами, находящимися вблизи лесов.