Ответ:

1) «Не понимал» — с глаголом раздельно; «нечастые» — слитно, но не оба случая.

2) «Неаккуратность» — существительное, можно заменить синонимом «неряшливость», поэтому слитно; «дело не сделано» — краткое причастие, раздельно.

3) «Неразрывно» — слитно; «несмотря на непогоду» — производный предлог, пишется слитно. Оба слова пишутся слитно.

4) «Не достаёт смелости» — раздельно с глаголом; «рукопись не изучена» — раздельно с кратким причастием.

Ответ: 3.