Применим ПРОТОКОЛ Е (Выбор грамматической формы).
В задании требуется образовать форму Present Continuous от глаголов go.
Present Continuous образуется при помощи вспомогательного глагола to be в настоящем времени (am, is, are) и смыслового глагола с окончанием -ing.
В первом случае подлежащее выражено местоимением they, поэтому используем форму are. Так как предложение вопросительное, то are выносим на первое место.
Получаем предложение: Where are they going?
Во втором случае подлежащее выражено местоимением you, поэтому используем форму are. Так как предложение вопросительное, то are выносим на первое место.
Получаем предложение: Are you going with them?
Ответ: A: Where are they going? B: To the supermarket. Are you going with them?