Ответ:

Вставляем слово в подходящей форме и учитываем смысл: 1) «из атомов»; 2) «два атома»; 3) «все молекулы воды» — здесь слово «атом» по смыслу не подходит; 4) «из атомов».

Поэтому формулировка допускает два подходящих варианта — 1 и 4; оба требуют формы «атомов». Если в тесте предполагается один ответ, уточнить его без дополнительных указаний нельзя.

Ответ: 1) атомов; 4) атомов.