Сосудистая система: Папоротники обладают хорошо развитой сосудистой системой, включающей ксилему (для проведения воды и минеральных веществ) и флоэму (для проведения органических веществ).
Стела: Стела (центральный цилиндр стебля) обычно представлена диктиостелой или сифоностелой. Диктиостела характеризуется наличием листовых лакун (пробелов) в стеле, где отходят листовые следы. Сифоностела имеет сердцевину в центре стелы.
Листья (вайи): Листья папоротников имеют сложное строение. Внутри листа хорошо развиты проводящие пучки. Мезофилл (основная ткань листа) состоит из палисадной и губчатой паренхимы, обеспечивающих фотосинтез.
Корни: Корни папоротников имеют типичное для сосудистых растений строение: эпидермис, кора и центральный цилиндр с проводящими элементами.
Спорангии: Спорангии, в которых образуются споры, имеют сложное строение и часто окружены специализированными клетками, обеспечивающими их раскрытие и распространение спор.