I thought that my friend **hadn't come** yet.
**Объяснение:** В данном случае используется Past Perfect, так как "yet" указывает на незавершенное действие к моменту, когда говорящий думал об этом. Поскольку это в прошедшем времени (I thought), требуется Past Perfect. Правильная форма глагола "not/come" в Past Perfect - "hadn't come".