Как перевозятся мелкие собаки без тары?

Правильный вариант: с выкупом всего купе и оформлением платы за проезд.

Если собака перевозится без контейнера, пассажир выкупает всё купе и оплачивает перевозку животного.

Ответ: с выкупом всего купе и оформлением платы за проезд.