Оппоненты гипотезы Опарина критикуют её по следующим пунктам:
- Низкая вероятность образования сложных молекул: Вероятность случайного образования сложных органических молекул (белков, нуклеиновых кислот) из простых мономеров чрезвычайно мала.
- Необходимость защиты от ультрафиолетового излучения: В первичной атмосфере Земли отсутствовал озоновый слой, который бы защищал органические молекулы от разрушительного воздействия ультрафиолетового излучения.
- Разбавленность «первичного бульона»: Концентрация органических веществ в «первичном бульоне» могла быть слишком низкой для эффективной полимеризации.