Подводные роботы могут быть как программно управляемыми (автономными), так и дистанционно управляемыми, в зависимости от задачи.
* Дистанционно управляемые роботы (ROV) обычно используются для задач, требующих высокой точности и визуального контроля, например, осмотр подводных сооружений, ремонтные работы. Оператор управляет роботом с поверхности, получая видео- и другие данные.
* Автономные подводные аппараты (AUV) применяются для обследования больших территорий, сбора данных, когда постоянное управление не требуется или невозможно, например, для картографирования морского дна.
Оптимальный выбор зависит от специфики задачи и условий работы. Часто используются гибридные системы, сочетающие элементы автономного и дистанционного управления.