Марьюшка думала или о сыне или о Володе никаких других мыслей в голове её не было.

Марьюшка думала или о сыне, или о Володе, никаких других мыслей в голове её не было.

Запятая ставится между однородными членами, соединёнными повторяющимся союзом или…, или…. Вторая запятая разделяет части бессоюзного сложного предложения.