Не противоречит ли утверждению о том, что скорость относительна, если поезд движется с одной и той же скоростью относительно здания вокзала и растущего у дороги дерева? Ответ поясните.

Нет, не противоречит. Здание вокзала и дерево покоятся относительно друг друга, поэтому системы отсчёта, связанные с ними, имеют одинаковую скорость. Скорость поезда в обеих системах отсчёта одинакова.