Почему существительные пруд и прут не различаются в произношении только в формах именительного и винительного падежей? Приведите хотя бы еще одну пару подобных слов. Как называются такие слова?

Существительные "пруд" и "прут" не различаются в произношении в формах именительного и винительного падежей из-за оглушения звонких согласных в конце слова. В русском языке звонкие согласные в конце слова произносятся как глухие (в слабой позиции).

Примеры подобных слов: луг - лук, воз - вёз.

Такие слова называются омоформами.