1. Почему в транскрипции никогда не пишутся е, ё, ю, я?

В транскрипции не используются буквы е, ё, ю, я, так как они обозначают два звука (й+гласный) в начале слова, после гласных и после ъ и ь. В остальных случаях они обозначают один звук, совпадающий с звуком, который обозначают буквы э, о, у, а соответственно. Поэтому в транскрипции используются только звуки, а не буквы.