При определении способа образования слова «напильник» используем морфемный анализ (ПРОТОКОЛ Г):
Основа слова «напильник» образована от основы глагола «пилить» при помощи приставки «на-» и суффикса «-льник-». Следовательно, слово «напильник» образовано приставочно-суффиксальным способом.
Ответ: приставочно-суффиксальный способ.