Случилось так (1) что в числе горничных (2) Анны Павловны (3) находилась одна очень хорошенькая девушка (4) Маланья (5) умница (6) и скромница. (По И. С. Тургеневу)

Перед придаточной частью с союзом «что» ставится запятая. Имя «Маланья» и приложения «умница и скромница» поясняют слово «девушка» и обособляются. Между однородными приложениями, соединёнными одиночным союзом «и», запятая не ставится.

Ответ: запятые на местах 1, 4, 5.